home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ CD Concept 6 / CD Concept 06.iso / mac / UTILITAIRE / MolView 1.0.4 / README!!!!! < prev    next >
Text File  |  1995-01-30  |  6KB  |  101 lines
  1. Which Version of MolView do you need?
  2.  
  3. 1)  MacPlus, MacSE users -- please do not use.  Use old MacInPlot versions.
  4.  
  5. 2)  Mac LC, and any color Mac WITHOUT a Math co-processor chip
  6. (this may include Mac IIsi)
  7. USE "MolView 1.0 (LC)"
  8.  
  9. 3)  Any MacII (e.g. cx, ci, fx, vx) and Quadra that has a Math
  10. co-processor chip (i.e. 68881 co-processor) -- you can use
  11. EITHER the "MolView_fat" or the "MolView 1.0"  (prefer the
  12. latter because of size).
  13.  
  14. 4) PowerMac users use "MolView_fat" OR the "MolView 1.0 (LC)"  the
  15. latter is much slower that the former.
  16.  
  17. Q:  What is "MolView_fat"?
  18. A:  It is a "FatBit" version of MolView that can run on any
  19. MacII with a co-processor OR run NATIVE on a PowerMac.
  20. The application actually has both compiled versions in the
  21. same file.
  22. ___________________________________________________________________
  23. January 30, 1995
  24.  
  25. NOTE!!
  26.  
  27. 1) You need to rebuild your desktop after installing version 1.0.4
  28. 2) I changed compilers.  When I changed compilers, several bugs were induced because of library differences.  I think that I caught them all, but...  Let me know if you find any.  These kinds of errors take seconds to fix.
  29. 3) The new compiler should let me quickly develope an IBM-PC version by summer (I hope).  Not sure how all the routines will port.
  30.  
  31. New stuff:
  32.  
  33. 1) You can now adjust the slabbing step size in the 'Preference Dialog' box.  This parameter is not saved since, if mis-adjusted, could make the next user think that the pgm is not working at all...
  34.  
  35. 2) Created a PICT viewer.  MolView can read all types of PICT files and display them in a new window.  For now, the image cannot be scaled.  However, if the PICT is > than the screen sized, the image is scaled to fit the screen.
  36.  
  37. 3) Molview now supports System 7.5 'Drag&Drop'.  In System 7.5 if you use the mouse to drag a file on top of an application, the application will force the file open and read it.  MolView now does this with the following file types:
  38.     a) PICT files (any creator)
  39.     b) PDB files (any creator-TEXT format).  The file name can be any length, but MUST end with .pdb, .PDB, .ent, or .ENT   While this latter requirement is not theoretically necessary, I have it there to try to trap possible errors made by naive users.
  40.     c) MolView files.
  41.     d) QuickTime movies (any creator).
  42.  
  43. 4) MolView will now launch itself and automatically read files that it created:
  44.     a) MolView PICT
  45.     b) MolView files
  46.     c) MolView QuickTime movies
  47.  
  48. 5) Now, when reading PDB, MolView, and O plot files, a dialog box opens and shows you that it is making progress.  Since this is normally done with a 1-D ribbon, thought that I'd use a 3-D ribbon...
  49.  
  50.  
  51. Fixes:
  52.  
  53. 1) QuickTime player in the PowerMac version fixed.
  54.  
  55.  
  56.  
  57. ___________________________________________________________________
  58.  
  59.  
  60. December 20, 1994
  61. 1)  One can now create 3 kinds of QuickTIme movies:  rotation, ribbon rainbow, and slabbing.  A dialog box appears asking the user for which one is to be created.
  62. 2)  Fixed a bug that limited the number of residues to be read in from a PDB file.  Was causing a crash when reading in large PDB files (had temporarily fixed an array during debugging and forgot to make it dynamic).
  63. 3)  Eliminated a couple of screen refreshes that slowed down execution:  one extra refresh after opening a MolView file and one extra refresh after resizing the window.
  64. ___________________________________________________________________
  65. December 12, 1994
  66. 1)  When reading in a PDB file that contains sheet and helix information in the header,
  67. the PDB conversion routine writes out a *.PDB.struc file to be used in generating 
  68. a ribbon diagram.  This allows you to create a ribbon diagram exactly as the authors
  69. said you should without you having to edit or create a *.struc file.
  70. ___________________________________________________________________
  71. December 8, 1994
  72. 1)  The color palette is now stored in the preference file.  Therefore, the colors you choose today will be there tomorrow when you launch the program.
  73. 2)  Window positions and sizes are stored in the preference file and reference during the running of the program.  For example, if you like the ribbon button window at the bottom of the screen, just drag it there and it will stay there even if you close the window and open it again later or on another day.
  74. 3)  I put a trap in the program that checks to see if QuickTime is installed.  If not, a dialog box opens to tell you to get it installed.  I decided to not let the program run if QuickTime is not installed.
  75. 4)  Improved, somewhat, the secondary structure determination.  For now, check the *.struc file against the header from the PDB file and fix the *.struc file.  I am currently writing a routine to do this for you as the PDB file is read in.
  76. ___________________________________________________________________
  77. October 31, 1994
  78.  Changes:
  79. 1)  Implemented a Color Palette to control the object color rather than having to go through the color wheel all of the time.  Simply now click on the color button for any object and then click on a button from the Color Palette.
  80. 2)  An 'apple-click' on the Color Palette allows you to change the color of individual buttons.
  81. 3)  An 'apple-click' on one of the color buttons on the Ribbon Window allows to the change the color of a residue in the ribbon diagram by opening up a window containing buttons for each residue in that segment.
  82. 4)  An 'apple-click' on a colored button in the Magnified segment window will allow you to turn the highlight color off for that particular residue.
  83. ___________________________________________________________________
  84. July 27, 1994
  85.  
  86. Fixes:
  87.  
  88. Most fixes are for PowerMac versions.  The ribbon diagram and sort with others in CPK are both working just fine now.
  89.  
  90. Secondary structure prediction routine is fixed.  Was having problems with water molecules at the end of the file.
  91.  
  92. Changes:
  93.  
  94. 1)  If MolView cannot access your System Folder, it will read and write the preference file to the directory containing your program.
  95.  
  96. 2)  You can not change the radii used for the CPK.  At the end of the 'names.pdb' file you will see a section called 'CPK_radii'.  There is a list of one letter code and atomic radii (in ü) for the radii of the various types of atoms.  You can now edit this.
  97.  
  98. 3)  Improved the icons used for files (need to rebuild desktop to see).
  99.  
  100.  
  101.